A sziget nagyon régen elvált minden más kontinenstől. Indokolható álláspont szerint tulajdonképpen önálló kontinens. A nyugati, szárazabb oldalon trópusi lombhullató erdők honosak, a legszárazabb vidékeken félsivatagi tüskés bozótok. Itt a lakosság ritka, az erdőpusztulás nem olyan nagymérvű, mint keleten, de jelen van. Errefelé ma is honos az égetéses-irtásos földművelés. A lecsupaszított talajt az erózió veszélyezteti. Gyakran előfordul, hogy úgy lepusztul a talaj, hogy ott már semmiféle növényzet nem tud megkapaszkodni. A folyókba mosódott hordalék meg a folyók mentén élőknek okoz sok gondot: árvízveszélyt, a kikötők feltöltődését. Az élővilága egyedi. Nagyjából 10 000 növényfaj él a szigeten, 90% endemikus itt. Számos félmajomfajta honos, például a véznaujjú maki. További helyi állatfajták: tanrek, különböző cibetmacskák (elsősorban a kígyókra vadászó madagaszkári mungó), denevérek, boakígyók, leguánok, kaméleonok. Afrikai nagyvad és mérges kígyó nincs.